Data conversion

1. Sprawdzenie lokalizacji i objętości zmian w wokselu

https://github.com/nencki-lobi/MJRIS/blob/main/svs_segment.sh

for s in sub*; do
    find "$s" -type f -iname *svs.nii.gz -size +20M -exec ./code/svs_segment.sh ./${s}/ses-01/anat/${s}_ses-01_FLAIR.nii.gz ./{} ./${s}/ses-01/anat/${s}_ses-01_desc-mask_FLAIR.nii.gz ./derivartives/spectroscopy/${s}/ \\;
done

1. Skrypt do zrobienia podglądu w JPG → ~/repo/MJRIS/code/spectroscopy/voxel_to_jpg.sh ../anat/sub-2_ses-01_FLAIR.nii.gz sub-2_ses-01_acq-met_label-lesion_svs_mask.nii.gz

for s in sub*; do
	find "$s" -type f -iname *svs_mask.nii.gz -exec echo ./code/spectroscopy/voxel_to_jpg.sh ./${s}/ses-01/anat/${s}_ses-01_FLAIR.nii.gz ./{} ./derivatives/spectroscopy/voxel_imgs/${s} \\;;
done

1. Referencja do wody - nie działa prawidłowo, bo: → zrobić svs_segment i sprawdzić skalowanie po wlaściwej korekcji → CSF: 0.00, GM: 0.14, WM: 0.85. → wconc 33618,25225 → stężenie NAA 6.6 mM (powinno być >10mM) → mail do Jamiego Neara 10.06.2025