FLAIR-star

“So far the best result comes from registering FLAIR to Magnitude (cost norm mut info, 6 DOF) and then multiplying the result by SWI.”

flirt -in FLAIR/FLAIR_bet.nii.gz -ref magnitude_bet.nii.gz -out FLAIR/FLAIR_to_MAG.nii.gz -omat FLAIR/FLAIR_to_MAG.mat -dof 6 -cost normmi

fslmaths SWI_bet.nii.gz -mul ../FLAIR/FLAIR_to_mag.nii.gz ../FLAIR/FLAIR_star.nii.gz;

Freesurfer

lesion filled T1w (robustfov, invert matrix, transform lesion mask, lesion fill)

okej, krok po kroku jak robię:

  1. przycinam obrazy T1 o szyję
    1. robustfov -> sub-1_ses-01_robustfov_T1.nii.gz
  2. brain extraction T1
    1. bet -f 0.3 -R -> sub-1_ses-01_bet_robustfov_T1.nii.gz
  3. przycinam obrazy FLAIR o szyję i dopasowuję maskę
    1. robustfov -i "$s"/ses-01/anat/"$s"_ses-01_FLAIR.nii.gz -m "$s"/ses-01/anat/"$s"ses-01_robust2orig.mtx -r /home/repo/MJRIS/"$s"/ses-01/anat/"$s"ses-01_robustfov_FLAIR.nii.gz -> sub-1**ses-01_robust2orig.mtx sub-1 ses-01_robustfov_FLAIR.nii.gz**
  4. brain extraction FLAIR
    1. bet -f 0.3 -R -> sub-1_ses-01_bet_robustfov_FLAIR.nii.gz
  5. konwertuję i odwracam macierz
    1. convert_xfm -omat "$s"/ses-01/anat/"$s"_ses-01_orig2robust.mtx -inverse "$s"/ses-01/anat/"$s"_ses-01_robust2orig.mtx
  6. korejestruję maskę zmian do robusta
    1. flirt -in "$s"_ses-01_desc-mask_FLAIR.nii.gz -ref "$s"_ses-01_robustfov_FLAIR.nii.gz -out "$s"_ses-01_robustfov_FLAIR_mask -init "$s"_ses-01_orig2robust.mtx -applyxfm > "$s"_ses-01_robustfov_FLAIR_mask
  7. lesion filling
    1. FAST - segmentacja na wm, gm, csf
      1. fast "$s"_ses-01_bet_robustfov_T1.nii.gz; fslmaths "$s"_ses-01_bet_robustfov_T1_pve_2.nii.gz -thr 0.95 -bin "$s"ses-01****WM_mask.nii.gz > "$s"_ses-01_bet_robustfov_T1_pve_2.nii.gz;  "$s"_ses-01_WM_mask.nii.gz
    2. FLIRT rejestracja FLAIR do przestrzeni T1
      1. flirt -in "$s"_ses-01_bet_robustfov_FLAIR.nii.gz -ref "$s"_ses-01_bet_robustfov_T1.nii.gz -omat "$s"_ses-01_robustfov_FLAIR_to_robustfov_T1.mat -dof 6 -cost normmi > "$s"_ses-01_robustfov_FLAIR_to_robustfov_T1.mat
    3. FLIRT przeniesienie maski z przestrzeni FLAIR do przestrzeni T1 wykorzystując wygenerowaną wcześniej macierz
      1. flirt -in "$s"_ses-01_robustfov_FLAIR_mask.nii.gz -ref "$s"_ses-01_bet_robustfov_T1.nii.gz -out "$s"_ses-01_robustfov_FLAIR_mask_in_robustfov_T1.nii.gz -init "$s"_ses-01_robustfov_FLAIR_to_robustfov_T1.mat -applyxfm -interp nearestneighbour > sub-1_ses-01_robustfov_FLAIR_mask_in_robustfov_T1.nii.gz
    4. LESION_FILLING
      1. lesion_filling -i "$s"_ses-01_robustfov_T1.nii.gz -l "$s"_ses-01_robustfov_FLAIR_mask_in_robustfov_T1.nii.gz -o "$s"_ses-01_robustfov_T1_filled.nii.gz
  8. Freesurfer
    1. osoba z grupy SM i RIS

recon-all -s sub-1 -i ./sub-1/ses-01/anat/sub-1_ses-01_robustfov_T1_filled.nii.gz -FLAIR ./sub-1/ses-01/anat/sub-1_ses-01_FLAIR.nii.gz -FLAIRpial -all

b. osoba zdrowa

recon-all -s sub-37 -i ./sub-37/ses-01/anat/sub-37_ses-01_robustfov_T1.nii.gz -FLAIR ./sub-37/ses-01/anat/sub-37_ses-01_FLAIR.nii.gz -FLAIRpial -all

submilimeter pipeline - to do or no to do?

use of FLAIR - -FLAIR, —plial to improve pial surface (will not help with lesioned WM)