Maski powinny być binarne. Uważaj przy przekształceniach maski. Zawsze wybieraj opcję interpolacji NN, która zachowuje oryginalne wartości. Polecenie poniżej da Ci pewność, że średnia (M) wartość niezerowych wokseli wynosi 1 a odczylenie 0:
fslstats lesion.nii.gz -M -S
1.000000 0.000000
Uważaj przenosząc pliki pomiędzy SPM i FSL. Pierwszy wykorzystuje często wartości NaN w obrazie, których FSL nie uznaje. Czasem mogą się pojawić problemy z zapisem orientacji obrazów.
Więcej dobrych rad znajdziesz: O maskach - https://neuroimaging-core-docs.readthedocs.io/en/latest/pages/image_processing_tips.html#masks O normalizacji z maską - https://neuroimaging-core-docs.readthedocs.io/en/latest/pages/fsl_anat_normalization-lesion.html
Nietypowe obrazy mogą zostać źle przetworzone przez automatyczne algorytmu. Możesz ułatwić im działanie poprawiając obrazy tak, żeby nie było na nich widać zmian. Uwaga - lesion filling w FSL może nie zadziałać prawidłowo w GM (Paweł używa implicite maski WM).
Według instrukcji Pawła - https://github.com/nencki-lobi/NAWA/blob/master/General/Analysis.md#brain-volumetrics---calculated-with-freesurfer
#Bet T1 and at the same time perform bias field correction:
bet sub-01_ses-01_T1w.nii.gz T1_bet_biascorr.nii.gz -f 0.2 -B
#Segment T1 with fsl fast in order to obtain WM mask:
fast T1_bet_biascorr.nii.gz; fslmaths T1_bet_biascorr_pve_2.nii.gz -thr 0.95 -bin WM_mask.nii.gz;
#Bet FLAIR:
bet sub-01_ses-01_FLAIR.nii.gz FLAIR_bet.nii.gz -f 0.5 -R
#Register FLAIR to T1:
flirt -in FLAIR_bet.nii.gz -ref T1_bet_biascorr.nii.gz -omat FLAIR_to_t1.mat -dof 6 -cost normmi;
#Use the generated matrix to register Flair lesion mask to T1
flirt -in FLAIR_lesion_mask.nii.gz -ref T1_bet_biascor.nii.gz -out FLAIR_lesion_mask_in_T1.nii.gz -init FLAIR_to_T1.mat -applyxfm -interp nearestneighbour;
#Perform the lesion filling
lesion_filling -i sub-01_ses-01_T1w.nii.gz -l FLAIR_lesion_mask_in_T1.nii.gz -w WM_mask.nii.gz -o T1w_filled.nii.gz;
Na poprawionych obrazach po wykonaniu “lesion filling” można uruchomić standardowy preprocessing np. fsl_anat lub freesurfer. Ewentualnie, zamiast lesion filling, można skorzystać z alternatywnej wersji fsl_anat_alt, która wykorzystuję maskę zmian. Zmiany zaznaczone w masce zostaną zignorowane podczas wykonywania segmentacji/normalizacji (nie będą miały wpływu).
| fsl_anat on lesion filled T1w (todo) | fsl_anat with -m | fsl_anat standard | |
|---|---|---|---|
| comment | lesion filled/repaired | lesions mask used in the segmentation | algorithm not informed about lesions |
| directory | ? | ./withmask.anat | ./proprietary.anat |
| results |
fsl-cluster → powstaje plik txt z tabelką i/lub maska w kolorach tęczy (numeracja klastrów na obrazie)
uwaga - kliknięcie dowolnej pozycji na obrazie powoduje dodanie wpisu/nowego wiersza do tabelki w History